葛城美里
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葛城美里（葛城ミサト，Katsuragi Misato，聲優：三石琴乃）
年龄：29岁。NERV特务机关本部战术作战部長，也是三个驾驶员的直属上司。
她的父亲原来也是NERV的成员，但她憎恨父親為了工作忽略家庭。在第二次冲击时，她在NERV工作的父亲以自己的牺牲救了她一命，被救回之後卻有一段期間罹患了失語症。她是赴南极的葛城探险队的唯一生还者，是少数目击过“第二次冲击”的人。为了复仇她也加入了NERV，打算以自己的力量打倒使徒。身为战斗指挥单位的最高负责人，当正副司令都不在时，她就是NERV的指挥官。
她也充任寄居在她家里的真嗣和明日香的監護人。她在表面上的性格显得相当外向、樂觀與開朗，有时就像是个不折不扣的傻大姊。不过私底下她也有只問工作成敗的冷酷面，心境和表情都非常丰富。在真嗣搬到第3新东京市之后，她就是略显阴郁的真嗣在感情上的重要支柱。在工作之外，凡是属于自己家务事的范围，她却往往还要反过来依靠真嗣的照顾。在真嗣搬来之前好像只靠啤酒和速食食品度日。
學生時期曾與加持良治交往，後因發現與加持在一起開心的感覺似乎是在追尋父親的影子，而感到害怕並提出分手。
在戰鬥中具有超強的運氣，制定了得勝率極低的戰術、卻還能獲勝；而在生活中運氣差，除了能獲得加持的真愛外。
階級在電視版中一開始是上尉（大尉），12集（漫畫版第五集）中升等為少校（少佐）；而新劇場版系列中，中一開始即是中校（中佐），於《破》中升階為上校（大佐）。
於旧劇場版《Air》中最後為了保護並護送真嗣到初號機的機庫而被槍擊，最終死於戰略自略隊引爆的爆炸中，並在《真心為你》中，化為LCL而消失。
在《新劇場版：Q》中擔任AAA Wunder的艦長。職階為大佐。
碇源堂
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碇源堂（碇ゲンドウ，Ikari Gendou，聲優：立木文彦）（又译碇元渡）
1967年4月29日出生，年龄48岁。
NERV司令官，碇真嗣的父亲。他原姓六分仪，和碇唯结婚后改姓碇（#新劇場版中，碇是原本的姓氏，唯原姓綾波）。
他从年轻时代起就是一个相当神秘的人，在几乎毁灭世界的第二次冲击发生后，他就全力投入研究事件的真相、「使徒」的真面目和其他种种相关的谜题。「人类补完计划」和NERV的成立都跟他有相当深的牵连，曾于2003年国联设立的人工进化研究所担任所长的职务。
許多人都相信他是為了利用碇唯及她身後的SEELE而接近她、並與她結婚，但是不管他一開始的目的為何，他最終還是深愛著他的妻子。
2010年，成为国联直属的以调查、研究、歼灭使徒为目的的NERV的司令，也是整个EVA开发计划的总负责人。此外，他亦是被称作「人类补完计划」的机密计划的责任者。在形式上，他虽然是受人类补完委员会和Seele的指示在指挥NERV，但是在暗中他有着自己的计划。
他是一个为了达到自己的目的而无视人性与感情、极为冷酷的人。但他對唯卻有著極深的感情，他一切計畫的最終目的就是再見到唯。
他是將他兒子玩弄於股掌的父親，被真嗣所厌恶。在新劇場版中，計劃性的引發了近第三次衝擊和第四次衝擊。
舊劇場版《真心為你》中，化為LCL的意象為被初號機吃掉。
漫畫版中，綾波零回歸莉莉絲之後，被本來認為已死的赤木律子開槍射殺。
實際上，在他冷酷的外表與作為下，他是一個內心極為軟弱的人，無法面對真嗣的原因也是因為害怕他，最終得到了真嗣的一句慰藉，從真嗣身上看到了妻子的影子。
赤木律子
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赤木律子（赤木リツコ，Akagi Ritsuko，聲優：山口由里子）
年龄：30岁。NERV的科學家，赤木直子（MAGI三賢者系統的開發者）的女兒。
性格冷靜、实事求是，煙抽得很兇，是個工作狂。NERV技术开发部门首席人员、EVA开发计划的负责人。她是一个相当有才能的科学家，个性属于绝对理智型，相当果决而明快，而且具备碇源堂所缺乏的冷静，常带有一种现实主义式的冷漠无情。
喜歡收集貓的用品。
她是葛城美里的大學時期結識的朋友，也認識加持良治。后来她將原本的棕髮染成金髮，以撇除從前不起眼的小女孩形象。與葛城不同的是，她寧可EVA犧牲駕駛員也要完成任務，這種冷酷性格和碇源堂不惶多讓。
除了碇源堂和冬月耕造外，她是唯一完全清楚知道NERV計劃的實際目的NERV成員。
赤木像自己的母親一樣愛上碇源堂，並有著不可告人的關係。但她隨後亦發覺碇源堂只是利用她。為了報復，赤木破壞了綾波零的Dummy系統。在於旧劇場版《Air》中，最後她設計企圖令MAGI系統自毀NERV，並阻止碇源堂發動第三次衝擊。但MAGI的Casper（擁有赤木直子身為女性的人格）否決了赤木的指令，她亦被碇源堂射殺了。
漫畫版中，被源堂開槍後未立即死去；等到綾波零回歸莉莉絲之後，開槍射殺源堂後才死，並在《真心為你》中，化為LCL而消失。在《新劇場版：Q》中，加入了以葛城美里為首的反NERV組織WILLE，並擔任AAA Wunder副艦長。她的頭髮比《新劇場版：破》的時候短很多。
伊吹摩耶
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伊吹摩耶（伊吹マヤ，Ibuki Maya，聲優：長澤美樹）
年龄：24岁。階級二尉。所屬NERV本部技術開發部技術局一課。
憧憬赤木律子，負責操作MAGI，監看EVA的狀態（例如同步率），並管理EVA的系統，保護駕駛員。
有時因其“潔癖”的性格以及過於善良的心地，也會讓她對赤木律子的決定有所難色。
即使在任務中也不會抹消自己的感情，曾在真嗣破壞NERV構造時安慰並勸解過真嗣，也表達過對人造駕駛員「模擬插入栓（ダミープラグ）」的不滿。在NERV總部被攻入時拒絕開槍殺人。
舊劇場版《真心為你》中，最後接觸赤木律子的幻影，化為LCL而消失。在《新劇場版：Q》中，加入了以葛城美里為首的反NERV組織WILLE，調任為整備長，指揮後勤工作。對年輕人和組織現有的人手感到不滿。
名稱由來自取舊日本帝國海軍伊吹級重巡洋艦及高雄級重巡洋艦4號艦摩耶號重巡洋艦。
日向誠
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日向誠（日向マコト，Hyuga Makoto，聲優：結城比呂）
年龄：不詳。階級二尉。所屬NERV本部中央作戰司令部作戰局第一課。
為人機敏膽大，擅長電腦操作，對上司葛城美里很是欽慕。不過在細節尚不夠檢點，曾偷過伊吹的資料，侵入過保安部的電腦。
平日最大的愛好是看漫畫書。在加持死後幫助美里收集關於第二次衝擊的情報。
上司是葛城美里，並對其有愛意。
舊劇場版《真心為你》中，最後接觸葛城美里的幻影，化為LCL而消失。在《新劇場版：Q》中，加入了以葛城美里為首的反NERV組織WILLE，於AAA Wunder艦橋擔任要員。
名稱由來自大日本帝国海軍伊勢型戦艦二番艦「日向號戰列艦」。
青葉茂
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青葉茂（青葉シゲル，Aoba Shigeru，聲優：子安武人）
年龄：約20多歲。階級二尉。所屬NERV本部中央作戰司令部情報局第二課。
平時擔任通訊及情報分析的工作，在工作的空閒時間會擺出一副練彈吉他的手勢，擅長電貝斯，對音樂相當熟悉。
舊劇場版《真心為你》中，冬月、日向、伊吹等人都有看到自己重視的人後化為LCL消失，只有青葉是看到一堆綾波零在驚嚇中化為LCL而消失。在《新劇場版：Q》中，加入了以葛城美里為首的反NERV組織WILLE，於AAA Wunder艦橋擔任要員。與十四年前外觀差別是蓄鬍。
名稱由來自大日本帝国海軍「青葉號重巡洋艦」和井上廈原作、由岡本喜八執導的1974年電影《青葉茂盛》。
冬月耕造
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冬月耕造（冬月コウゾウ，Fuyutsuki Kouzou，聲優：清川元夢）
年齡：59歲。冬月耕造，NERV的副司令，常常在碇源堂不在的時代理他的工作。
為人冷靜，具分析頭腦，能夠做到完全客觀分析，卻不太善於交際。知曉諸多EVA的內幕。
在1999年，即第二次衝擊的前一年，他在京都的大學任職副教授，其主要研究「形而上生物學」（所謂「形而上」是哲學用語，即形上學，指的是超越經驗所累積的具體性，個別性，而以全體性，究極性，絕對性的立場來看待事物）。
而後他遇到一名優秀的生物工程學學生碇唯。他對碇唯很有好感。而那時候碇唯已經與SEELE有所瓜葛。同一年，他因為被素未謀面的六分儀源堂指定為其醉酒鬧事的保證人而認識了源堂。源堂亦因此而認識了碇唯，並且兩人開始交往。當他從碇唯口中得知二人在交往時，十分驚訝。
在2002年，冬月在往南極的調查船上遇見源堂，並得知其與碇唯的婚事。同年，聯合國發表報告，指出第二次衝擊是殞石墜落南極造成。根據冬月的調查，曝光於公眾的情報並非真相，第二次衝擊的真相是「光之巨人」亞當所引起。
2003年時，他前往GEHIRN的前身人工進化研究所，質問當時任職所長的碇源堂，並揚言將光之巨人的存在公諸於世。後碇源堂引領他前往地下都市GEO FRONT的前身，GEHIRN的所在地，參觀Seele正在進行的E計劃，即亞當再生計劃，從光之巨人亞當中複製出EVA系列。其中還有超級電腦三賢人正在發展。而碇唯同為GEHIRN的一員。當冬月知道這個計劃是一項很大的人工進化工程，即「人類補完計劃」時，他選擇加入GEHIRN，從此成為源堂的左右手。
舊劇場版中，最後接觸碇唯的幻影，化為LCL而消失。
加持良治
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加持良治（加持リョウジ，Kaji Ryouji，聲優：山寺宏一）
年齡：31歲，表面上看起来他是个不修边幅的浪荡子，乃是具有NERV特殊監察部成員及政府內務省的調查部部員兩重身份的雙面间諜，同時：也受到SEELE的指使監視NERV司令官碇源堂的一舉一動。表面上輕佻浮躁、不修邊幅，但其實是个很有心計的人。是明日香的暗戀對象。学生时代與律子是好友，並曾与美里有过恋爱关系，酷爱冒险，好奇心强，善于处理各类棘手的事件。在生活方面他是位受女性欢迎的角色，其人生观多次引导真嗣，令其重新建立战斗意志。平时有在地下都市栽培西瓜的兴趣。
在新劇場版，被設定常抽菸；在漫畫版中，更是完全不顧他人健康的連室內都到處抽菸；在碇真嗣育成計畫中，他也因為在室內抽菸而被碇源堂斥責，要求他尊重學生的健康。
在漫畫版中，他曾說他很怕死。
漫畫中言明在二次衝擊發生后曾與弟弟和一群夥伴坑蒙拐騙討生活（因為當時環境很差）。在某次入侵軍事糧倉被發現后，因為自己怕死而將同伴藏身地和盤托出，結果卻遭到軍人欺騙，此次事件造成其同伴與弟弟的慘死。成為自己的心靈創傷。但也由此產生調查清楚第二次衝擊真相的想法。
因為身為間諜，對NERV構造瞭若指掌，在漫畫版中力天使襲擊時帶真嗣到了可以直通中央教條的糧倉。
作為SEELE“繫在碇源堂脖子上的鈴鐺”卻沒有響，同時作為知道太多NERV內情的人，劇情後期被雙方追殺。動畫中在與美里發生關係時，漫畫在親吻美里之後，將自己的調查資料轉交給美里。之後遭到殺害。動畫中兇手疑似為一名中年女性，漫畫則有模糊地類似赤木律子的身影。
新劇場版中，登場於第三使徒的作戰，與真希波真理熟識，疑似是五號機自爆的始作俑者，藉此消滅懸而未決的第三使徒和隸屬歐盟和俄國的五號機。四號機消滅事件時竊聽碇源堂和冬月耕造的對話。自NERV奪走AAA Wunder的策劃者，和美里道別後赴死以阻止第三次衝擊。