商丘市地方税务局前身为商丘地区地方税务局，成立于1994年9月，1998年商丘撤地设市后过渡为商丘市地方税务局。人员编制、机构设置、干部管理和经费管理等方面由河南省地方税务局垂直领导。负责营业税、企业所得税、个人所得税、城市建设维护税、资源税、土地增值税、土地使用税、房产税、印花税、车船税、烟叶税、契税、耕地占用税及教育费附加、文化事业建设费等15种税、费、附加的征收和工会经费、残疾人就业保障金的代征工作。
商丘市地方税务局在河南省地方税务局、商丘市委、市政府领导下工作，是主管商丘市地方税收工作的职能部门。